Wahrscheinlich um 600 – 900 legten slawische Siedler ein Runddorf an den Ort an. In der ersten Hälfte des 12. Jahrhunderts beginnt die Zeit der deutschen Besiedlung Hohenheidas. Der damalige Rundanger wird zu einem straßenangerartigen Großdorf mit Gewannflur erweitert.
1291- Der Ort gehört zur Herrschaft Landsberg. Aus dem 13. Jahrhundert stammen die zwei kleineren Kirchenglocken, wobei die ältere die Form eines Bienenkorbes hat. Die Kirche im Ostteil des Rundangers steht möglicherweise auf einem heidnischen Kultplatz. Um 1300 – gibt es wahrscheinlich 22 besitzende Mann und Gesinde.
1349/50 – an der nördlichen Grenze von Hohenheida besteht noch das slawische Dorf Usternicz. Es wurde später von Hohenheida aufgenommen.
1399 – der Ortsname Windysche Heide wird erwähnt .Verwaltungsgemäß gehört der Ort zu Eilenburg. Nach 1400 gibt es bereits 31 selbständige Güter, wahrscheinlich durch die Aufnahme des Ortes Uczternicz. Dadurch wurde der Rundling nach Westen hin erweitert und ermöglichte die „Einbezirkung“ der alten Flur Eisnitz.
1438 – wird Hohenheida Heide genannt und im selben Jahr noch Hohe Heide. Das Dorf wird durch den Kurfürst Friedrich von Sachsen und seinen Bruder Wilhelm der Universität Leipzig übertragen. .
1440 – erhält die Kirche eine neue Glocke die der heiligen Margareta geweiht ist. Im 15. Jahrhundert – dem Gut Nummer 3 (nach anderer Überlieferung Nummer 2 – An der Hauptstraße 2) wird von der Universität Leipzig die Qualität einer Erbschänke verliehen.
Um 1500 wird die romanische Saalkirche umgebaut.
1529 – Hohenheida ist nach Merkwitz eingepfarrt.
1568 – nach der alten Großpropsteiordnung soll das Jahrgericht 2-3 mal stattfinden. Die Amtshandlungen werden im Freien, in der Pfarre oder im Gemeindehaus abgehalten. Zu dieser Zeit weist Hohenheida folgenden Bestand an Gütern auf: Das Erbschmiedegut, das Erbschenkgut, 21 bewohnte Güter, ein Haus ohne Feld, drei wüste Höfe und zwei wüste Gärten.
1574 – schließen die Universitätsdörfer mit der Schneiderzunft zu Taucha einen Vertrag, mit dem Ziel, dass sich zwei Schneider in Hohenheida niederlassen dürfen Um 1600 besteht in Hohenheida ein Gemeindebrunnen; er ist etwa 10 Meter tief und wird auch zur Fischzucht genutzt. 1628 – werden für Hohenheida im Lohnsteuerregister 26 Güter genannt, die Steuern zahlen.
1618 bis 1648 ( Dreißigjähriger Krieg ) 1631/32 – wird auch Hohenheida durch die in der nähe stattfindenden Schlachten stark in Mitleidenschaft gezogen und geplündert. Zusätzlich erfolgt noch die Einquartierung der Soldaten. 1633 – wird Hohenheida von der Pest befallen.
1637 – Hohenheida ist durch den Krieg vollständig verwüstet, die Bauern sind verjagt und bereits 1640 liegen viele Güter wüst und es werden nur noch 16 Güter und ein Häuslein erwähnt.
1643 – Die Universität Leipzig ist bemüht, alle verlassenen und verwaisten Güter schnellstens zu besetzen, da die Einnahmen fehlen. Daraufhin werden im Oktober 11 neue Güter vereidigt.
1659 – erfolgt durch den Amtsmann und den kurfürstlich – sächsischen Kommissar eine Besichtigung der Grenzen, um einen Streit wegen der Lehnsherrschaft zwischen dem Amt Delitzsch und der Universität Leipzig zu klären. Die „Usternitzer Mark“ wird der Universität zugesprochen.
1666 – Die durch den Krieg verwüsteten Güter sind alle wieder besetzt.
1689/90 – Der Turm der Kirche wird bis auf das Gewölbe abgetragen und wieder neu erbaut.
1695 – Die Auswirkungen des Krieges sind nicht mehr zu spüren. Die Besitzer der Güter bauen sich selbst Brunnen. Neben den 31 Gütern gibt es 7 Häusler, letzteres sind vor allem Handwerker wie Schuster, Leinweber, Korbmacher, Schneider, Stellmacher. 1708 – wir die Pfarrwohnung wieder neu errichtet, welche durch einen Blitzschlag
1702 völlig abbrannte. Gleichzeitig wird eine neue Öl – und Getreidemühle gebaut.
1715/16 – wird das Langenhaus der Kirche neu aufgebaut
1748/49 – Der Leipziger Literaturprofessor Johann Christoph Gottsched ist Großprobst der drei alten Universitätsdörfer.